问题：按照增值税简易计税方法确定附加费计税依据时，增值税期末留抵退税额能在计税依据中扣除吗？

回答：不能。

根据《国家税务总局关于城市维护建设税征收管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2021年第26号）、《财政部 税务总局关于城市维护建设税计税依据确定办法等事项的公告》（财政部 税务总局公告〔2021〕28号）规定, 留抵退税额仅允许在按照增值税一般计税方法确定的城建税、教育费附加、地方教育附加计税依据中扣除。